Вот что он рассказывал в интервью самарским журналистам:
- Я родился в Чапаевске в первый день нового 1956 года. В Самаре окончил школу № 54, хотя до этого учился еще в двух школах города. В старших классах я параллельно занимался в заочной школе абитуриентов при МФТИ, получая задания через журнал "Квант". Также был активным легкоатлетом, отдавая предпочтение прыжкам в высоту. После окончания школы поступил в Московский инженерно-физический институт на специальность "экспериментальная ядерная физика". В то время даже и предположить не мог, что стану космонавтом. После завершения обучения в МИФИ, а это был конец 70-х, распределился в НПО "Энергия". Наше подразделение занималось космической тематикой.
Еще в студенческие годы, во время учебно-исследовательской работы, Сергей Авдеев был включен в научную группу, которая вела космические проекты. Так, он с соратниками разрабатывал телескоп для изучения эффектов гамма-вспышек во Вселенной, который должен был работать на борту полуавтоматического спутника.
- По завершении этапа разработки нужно было устанавливать этот телескоп в спутник и заниматься получением и обработкой информации. Поэтому я перешел работать в конструкторское бюро, созданное в свое время Сергеем Павловичем Королевым. Все получилось естественно и логично. Через некоторое время узнал, что у нас есть отдел, который все называют "отрядом космонавтов". Поинтересовался у руководства, можно ли туда попасть. Сказали: пиши заявление.
По словам Сергея Авдеева, отбор в космонавты проходил в несколько этапов. Изучали и проверяли анкету претендента, затем было углубленное медицинское обследование, а после этого — технический экзамен. Наш земляк успешно прошел испытания. В 1987 году его назначили кандидатом в космонавты-испытатели 291-го отдела НПО "Энергия".
Свой первый полет в космос Сергей Авдеев совершил в качестве основного бортинженера с командиром Анатолием Соловьевым и астронавтом Мишелем Тонини из Франции. Стартовали 27 июля 1992 года. Экипаж пробыл на орбите почти 189 суток. Четыре раза наш земляк выходил в открытый космос. Второй раз Авдеев летал с Юрием Гидзенко и немцем Томасом Райтером в сентябре 1995 года, полет длился 179 суток. Тогда же было несколько выходов в открытый космос.
По словам космонавта, наиболее трудным оказался третий полет, который продлился вместо шести месяцев год и две недели. Сергей Авдеев так рассказывал о своем пребывании в космосе:
- Все дни в полете расписаны не только по часам, но и по секундам. Если опоздаешь, промажешь на 7 километров, потому что скорость — 7 км в секунду. Поэтому скучать особо не приходится. А после полета приходится заново привыкать к Земле. Это не только с физиологической точки зрения. За год, например, здесь происходит много событий, все меняется. Мы живем в очень динамичное время, и можно не узнать тот мир, в котором ты жил до выхода в космос. В любом случае к каждому полету необходимо было тщательно подготовиться и физически, и технически, и морально. Проходим общекосмическую подготовку, которая включает в себя очень широкий спектр специальных тренировок, испытаний, лекций и практических занятий. У меня было 35 прыжков с парашютом, 30 часов налета на учебном самолете Л-39, водолазная подготовка и многое другое.
Общая продолжительность пребывания Сергея Авдеева в космосе (747 суток 14 часов 14 минут) с 1999 по 2025 год была мировым рекордом по суммарному времени.
Кроме медали "Золотая звезда" Героя России, Сергей Авдеев награжден орденом "За заслуги перед Отечеством" II степени, орденом "За заслуги перед Отечеством" III степени, медалью "За заслуги в освоении космоса" (NASA). Он кавалер ордена Почетного легиона (Франция), почетный гражданин Чапаевска и ряда других городов.